В альтернативной реальности начала ХХ века юная Сита обладает Летающим Камнем — загадочным кристаллом, способным указать путь к легендарному острову Лапута, плавающему где-то в облаках. Многие жаждут завладеть этим драгоценным камнем, ведь на островке, по легенде, хранятся бесценные сокровища. Сита не подозревает истинного назначения кристалла и носит его как амулет для защиты. Однако судьба заставляет девочку столкнуться с воздушными пиратами