Сюжет фильма переносит на некоторое время вперед, после событий первой части. Герои выбрались из Лабиринта и теперь намерены узнать правду, почему могучая корпорация создала такое сооружение. Также, главный герой Томас не намерен мириться с тем, что его лучший друг находится у врагов. Корпорация намерилась взять образцы крови у друга Томаса, которого зовут Минхо. Дело в том, что в его крови есть специальные антитела, которые способны уничтожить