Сюжет разворачивается вокруг Стича, эксперимента генетической инженерии, который в предыдущем фильме стал членом семьи Лило, маленькой девочки с Гавайских островов. В этом продолжении Лило и Стич продолжают жить вместе и радоваться друг другу. Однако Стич начинает испытывать необычное поведение и сбои в своей программе. Его память начинает постепенно угасать, и он начинает возвращаться к своим прежним, деструктивным наклонностям. Лило,